Το ντέρμπι της Θεσσαλονίκης, μεταξύ Αρη και ΠΑΟΚ, ξεχωρίζει από το πρόγραμμα της νεοσύστατης League Phase του κυπέλλου Ελλάδας, η κλήρωση της οποίας έγινε το μεσημέρι, σε κεντρικό ξενοδοχείο της Αθήνας. Οι 20 ομάδες που θα συμμετάσχουν θα δώσουν από τέσσερις αγώνες (δύο εντός και δύο εκτός έδρας) με διαφορετικούς αντιπάλους και στο τέλος θα προκύψει μία συνολική κατάταξη. Οι τέσσερις πρώτοι προκρίνονται κατευθείαν στα προημιτελικά, ενώ οι ομάδες που θα τερματίσουν στις θέσεις 5-12 θα δώσουν νοκ-άουτ αγώνες πλέι-οφ, για να συμπληρωθεί η οκτάδα.
Ο κυπελλούχος Ολυμπιακός δεν θα αγωνιστεί στην πρεμιέρα λόγω υποχρεώσεων στο Champions League και κληρώθηκε με Αστέρα Τρίπολης και Ελλάς Σύρου εκτός και με Ηρακλη και Βολο εντός.
Αναλυτικά το πρόγραμμα της League Phase του κυπέλλου:
1η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (16-18 Σεπτεμβρίου)
Ατρόμητος-Ελλάς Σύρου
Ηλιούπολη-Βόλος
Κηφισιά-Αστέρας Τρίπολης
Λεβαδειακός-ΠΑΟΚ
Μαρκό-ΑΕΛ
ΟΦΗ-Καβάλα
Παναθηναϊκός-Athens Kallithea
Παναιτωλικός-Αρης
Αιγάλεω-ΑΕΚ
2η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (23-25 Σεπτεμβρίου)
ΑΕΚ-Παναιτωλικός
ΑΕΛ-Λεβαδειακός
Αστέρας Τρίπολης-Ολυμπιακός
Athens Kallithea-ΟΦΗ
Αρης-Μαρκό
Βόλος-Ατρόμητος
Ελλάς Σύρου-Αιγάλεω
Καβάλα-Κηφισιά
ΠΟΤ Ηρακλής-Ηλιούπολη
3η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (28-30 Οκτωβρίου)
Ατρόμητος-Παναθηναϊκός
Ηλιούπολη-ΑΕΚ
Κηφισιά-Athens Kallithea
Λεβαδειακός-Αστέρας Τρίπολης
Ολυμπιακός-Βόλος
ΟΦΗ-ΠΟΤ Ηρακλής
Παναιτωλικός-Ελλάς Σύρου
ΠΑΟΚ-ΑΕΛ
Αιγάλεω-Αρης
4η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (2-4 Δεκεμβρίου)
ΑΕΚ-ΟΦΗ
ΑΕΛ-Ατρόμητος
Αστέρας Τρίπολης-Ηλιούπολη
Athens Kallithea-Καβάλα
Αρης-ΠΑΟΚ
Βόλος-Αιγάλεω
Ελλάς Σύρου-Ολυμπιακός
Μαρκό-Λεβαδειακός
ΠΟΤ Ηρακλής-Παναιτωλικός
Παναθηναϊκός-Κηφισιά
5η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ (16-18 Δεκεμβρίου)
Καβάλα-Παναθηναϊκός
Ολυμπιακός-ΠΟΤ Ηρακλής
ΠΑΟΚ-Μαρκό
Η συνέχεια της διοργάνωσης έχει ως εξής:
PLAY-OFF (6-8 Ιανουαρίου)
1. 5ος-12ος
2. 6ος-11ος
3. 7ος-10ος
4. 8ος-9ος
ΠΡΟΗΜΙΤΕΛΙΚΟΙ (13-15 Ιανουαρίου)
1ος-Νικητής 4
2ος-Νικητής 3
3ος Νικητής 2
4ος-Νικητής 1
ΗΜΙΤΕΛΙΚΟΙ (2-4 & 10-12 Φεβρουαρίου)
Νικητής Προημιτελικού 1-Νικητής Προημιτελικού 4
Νικητής Προημιτελικού 2-Νικητής Προημιτελικού 3
ΤΕΛΙΚΟΣ – 25 Απριλίου 2006 – ΟΑΚΑ
